Мутагены являются специальными предметами, которые делают Геральта сильнее. Подобно умениям, они должны быть размещены в определенных слотах в окне персонажа. Красные мутагены фокусируются на увеличении силы атаки. Синие мутагены увеличивают эффективность знаков ведьмака. Зеленые мутагены увеличивают размер шкалы здоровья Геральта.
Есть только четыре слота мутагенов и, как и в случае слотов умений, однако не все доступны с самого начала (вы должны достичь уровня 28). Что важно, мутагены могут «сочетаться» с вашими навыками. Это происходит, когда вы объединяете мутаген и навык одного цвета в одной группе слотов. Пример такого сочетания можно увидеть на картинке выше. Добавление трех красных навыков (категория фехтования) к красному мутагену значительно повысило его эффективность. Конечно, вам не нужно комбинировать цвета, несмотря ни на что. но чем больше соединений вам удастся создать, тем лучше для Геральта.
Мутагены можно получить, в основном, убивая монстров и проверяя их трупы. Лучшие мутагены могут быть найдены в монстрах из контрактов. Вы также можете приготовить их самостоятельно, основываясь на алхимии. Для создания одного мутагена более высокого уровня можно использовать несколько мутагенов низкого уровня.